Le squelette que tu cites notifications/contenu_commande_mail.html · master · spip-contrib-extensions / commandes · GitLab applique le filtre supprimer_tags pour les mails (cf à la fin) et donc la première ligne sera [#NOM_SITE_SPIP] <:commandes:commande_numero:>#REFERENCE (évalué par SPIP).
C’est bien ça que tu as ?
Dans ce cas ça semble assez simple pour le changer : tu crées un dossier notifications dans ton plugin maison et tu y copies ce fichier où tu changes juste cette ligne comme tu veux, en remplaçant #REFERENCE par #ID_COMMANDE.
Non ?