C’est horriblement complexe, pour diagnostiquer ça, d’interroger la console Google (avec des délais inconnaissables) puisqu’il te suffit de regarder les headers des pages avec l’inspecteur Réseau / Entêtes de Firefox par exemple, pour y voir x-robots-tag: none.
D’ailleurs qu’en est il d’un simple fichier html déposé à la main et ne contenant qu’un <html><body>coucoou</body></html> ou un fichier php ne contenant que <?php echo "coucou"; : les pages générées et reçues ont elles, elles aussi, été affublées d’un header x-robots-tag: none ? Dans ce cas là, aucun doute, ça n’a rien à voir avec SPIP
Et si ce n’est pas un problème SPIP, il vaudrait mieux que tu ailles demander du côté de YunoHost, en leur indiquant ta version etc. Ya des références sur internet pour des problèmes en rapport et au moins un bug corrigé dans une version passée.