La médiathèque propose de lister les documents inutilisés, j'utilise cette fonctionnalité pour effacer les documents qui ne sont pas rattachés à un article.
je viens de constater que les documents qui ont été importés directement depuis la médiathèque puis insérer par un lien <docxxx> dans un article sont toujours comptabilisés comme inutilisés.
chez moi l'ajout d'un <docxx> a un article rattache le document à l'article.... sous SPIP 3. Peut être que cela ne se faisait pas sous les anciennes versions de SPIP.
alors tu constatera que l'ajout du <docxxx> a un article provoque son l'association du document à l'article.
mais ce que je disais c'est que cela n'était peut être pas le cas avant. Donc il est possible que tu ai des articles où tu ai ajouté <docxxx> au moment où ton site était en 2.1, et qui du coup ne sont pas associé à l'article.