Il faut le faire vraiment à partir de zéro 
donc dans un nouveau dossier vide (renommer le dossier actuel via FTP pour archive le temps de la mise à jour), puis avec spip_loader par exemple. voir les méthodes d’installation « en chantier » : Framapad semestriel
Ensuite, dans cette nouvelle installation, tu déplaces les dossiers personnalisés (IMG, squelettes…) depuis le dossier archivé à la 1ère étape après avoir bien fait le tour pour voir s’il n’y a pas de fichier douteux.