Mise à jour 1 .9 .x vers 2 .0 .9

Bonsoir,
J’ai voulu mettre à jour Spip, et ai suivi la procédure indiquée, mais lorsque je supprime tous les dossier dans « ancien spip » pour n’avoir à la racine plus que IMG et config, un dossier intitulé logs ne veut pas bouger,… et reste à la racine.
Comme j’ai des soucis ensuite pour installer le plugin accès restreint, je me demande si ça pourrait en être la cause ?
Merci de votre aide
Camille