Adrián,
Se me ocurren dos soluciones posibles. La primera es que por FTP borres el contenido completo de las carpetas /tmp y /local. Muchas veces con eso funciona.
En otros casos yo procedo de la manera más drástica. Primero hago una copia de seguridad de la base de datos (si no se puede desde SPIP, la hago desde phpMyAdmin).
Luego borro por FTP la instalación actual (los archivos de SPIP de la carpeta raíz y las carpetas /ecrire /plugins-dist /prive y /squelettes-dist completas). No toco las carpetas /config /IMG y /squelettes de hecho procuro hacer una copia local ANTES de proceder, a las carpetas /local y /tmp les borro todo el contenido, incluyendo todas las subcarpetas.
Luego copio por FTP de la nueva versión de SPIP de mi disco local todos los archivos de la raíz y las carpetas que borré /ecrire /plugins-dist /prive y /squelettes-dist. Me aseguro que las carpetas /config /IMG y /squelettes tengan lo que tenían desde antes y que las carpetas /local y /tmp estén vacías, pero con permisos 777.
Ahí paso al browser y me valido en la parte privada de mi sitio, si todo sale bien me debe dejar entrar y pedir hacer un procedimiento de actualización de la base de datos y ya.
Si los plugins están poniendo muchos problemas, lo que hago es renombrar la carpeta plugins y borrar la caché (si es necesario a la brava por FTP), Después creo una carpeta nueva de plugins y su subcarpeta auto con las condiciones necesarias y vuelvo a instalar uno por uno los plugins, primero los que sé que no tienen problema (versiones recientes, actualizados para SPIP 3.1, etc.) y al final los que sean más complicados, a veces he tenido que no instalar plugins antiguos que nunca se volvieron a actualizar. Eso es un poco frustrante, pero al menos el sitio sigue funcionando.
Espero que te sirva.
Germán